پرونده قضایی بقایی از سال ٩۴ آغاز شد اما از تیر ٩۶ به صورت جدیتری پیگیری شد. همان زمان که غلامحسین محسنیاژهای در یک کنفرانس خبری اتهامات حمید بقایی را «تصرف غیرمجاز، اختلاس و تبانی در معاملات دولتی» اعلام کرد و گفتهبود «در روزهای اول هم که تحقیق انجام میشد مورد دیگری مطرح شد که دو میلیون یورو در اختیار بقایی بوده که این را باید به جای دیگری میداده ولی این در هیچ جایی ثبت و ضبط نشده که این موضوع هم باید پیگیری شود».